将插件合并到ImageJ / FIJI宏（bUnwarpJ）

Question

我正在尝试将插件bUnwarpJ集成到我正在编写的ImageJ宏中。目的是调用此插件，允许用户定义参数并运行它。      该插件可以选择保存用户定义的参数，即＆＃34;保存地标＆＃34;。我希望通过在我的插件中调用：call（＆＃34; bunwarpj.bUnwarpJ_.saveLandmarks＆＃34;，output folder）来执行此操作。

目前，代码为：

run("bUnwarpJ");
call("bunwarpj.bUnwarpJ_.saveLandmarks", output folder);

问题是一旦bUnwarpJ完成，你就无法拨打＆＃39;保存地标＆＃39;方法，也会丢失用户输入数据。你会如何解决这个问题？

一个想法是有一个弹出窗口（在运行命令之前），它不会暂停用户交互，当用户完成定义地标时，他们可以在这个执行call（）的窗口上单击OK，从而节省bUnwarpJ运行时的地标。我遇到的问题是大多数弹出窗口会暂停代码的其余部分。理想情况下就是这样：

#command for popup window here
run("bUnwarpJ"); #when user is finished, they click Ok on the box above

#which执行：call（＆＃34; bunwarpj.bUnwarpJ_.saveLandmarks＆＃34;，输出文件夹）;

感谢任何帮助。谢谢！

Answer 1

用户是否通过创建ROI或其他可能需要它们与图像实际交互的方式来定义地标？如果没有，和/或可以提前生成那些界标值（使用单个图像作为批处理的模板），则可以考虑仅添加一个请求界标值的用户界面/对话框，然后将其另存为一组变量或数组。让我知道这听起来是否正确，我会尽力帮助您进行设置。

Answer 2

使用初始对话框无疑是获取输入参数的最简单方法。如果由于某种原因该方法不起作用，则可以考虑将以下行插入：

run("bUnwarpJ");
waitForUser("Input Your Parameters");

我还没有使用过UnwarpJ，但是，如果要让用户执行除参数输入之外的其他步骤，则waitForUser命令应允许宏暂停以进行手动输入。否则，ejkiely的建议将是最快的解决方案。