我知道这已发布在其他地方并且这并不是一个困难的问题，但我在FIJI中编写宏并且很难理解各种在线资源中描述的解决方案。
我在同一个文件夹中有一系列图像，并希望对它们应用相同的操作，并将生成的excel文件和图像保存在输出文件夹中。具体来说，我想打开，平滑图像，进行最大强度Z投影，然后将图像阈值设置为相同的相对值。
此阈值处理是导致问题的一个步骤。通过相对值，我的意思是我想设置阈值，以便包括相同的强度直方图％。目前，在FIJI中，如果您转到图像＆gt; adjust＆gt;阈值，您可以移动滑块，使得图像的某个百分比被阈值化，并且它将在打开的窗口中显示该值。在我的情况下，98％是我想要实现的，例如除了前2％的数据之外的所有阈值。
将阈值应用于MIP后，我将其转换为二进制并进行粒子分析并保存结果（汇总表，结果，图像叠加。
我的方法是尝试自动执行所有步骤/进行批处理，但我一直很难根据在线发现的说明调整我写的工作。相反，我只是逐个打开目录中的每个图像并应用我编写的宏，然后手动保存结果。显然这是一个乏味的方法，所以任何帮助都会非常感激！
我一直用于简单的宏：
run("Smooth", "stack");
run("Z Project...", "projection=[Max Intensity]");
setAutoThreshold("Default");
//run("Threshold...");
run("Convert to Mask");
run("Make Binary");
run("Analyze Particles...", " show=[Overlay Masks] display exclude clear include summarize in_situ");