斐济的批处理宏无法正常工作

时间:2019-11-28 18:56:18

标签: image-processing imagej fiji

我有一个超堆栈,其中有2个时间帧,每个时间帧有13个z投影。从菜单中,依次选择ProcessBatchMacro。在input中,选择输入文件夹,然后在output中确定输出文件夹。最后,我使用下面的代码对所有z投影求和:

run("Z Project...", "projection=[Max Intensity] all");
close();

以下是屏幕截图:

enter image description here

在运行processTest之后,我在输出中得到的文件与输入相同,而z投影未求和。 Here is a sample tif文件(13 MB)。我尝试在不同的计算机上执行此操作,但结果是相同的。

1 个答案:

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我不熟悉以这种方式使用批处理,因此我不确定是否可以直接解决您的问题,但是,我可以说我知道如何通过直接记录/编写宏来做到这一点。但是,首先,您是否尝试过使用截屏的GUI中提供的“保存”按钮?在这种情况下,如果仍然无法正常运行,您可能想在宏编辑器中执行以下操作:

openPath = getDirectory("Choose Source Directory");

savePath = getDirectory("Choose Save Location");
File.makeDirectory(savePath + "UNIQUE ID");
savePath = savePath + "UNIQUE ID" + File.separator;

files = getFileList(openPath);

setBatchMode(true);
for (timePoint = 0; timePoint < (files.length); timePoint++)
    {
        run("Z Project...", "projection=[Max Intensity] all");
        saveAs("Tiff", savePath + "UNIQUE ID");
        close();
    }
setBatchMode(false);

希望对您有所帮助!