使用动物模型对MCMCglmm中的模型比例进行估算，以估算累加遗传方差

Question

我想使用“动物模型” 估算加性遗传变异和性状的遗传力。

我在R中使用了 MCMCglmm软件包，而我的数据是，性状是用比例衡量的：果蝇中存活的比例占25个。

我对MCMCglmm软件包很新颖，并且对lme4很熟悉。在lme4中，您可以将其建模为cbind（成功，失败）：

m1<- glm(cbind(fly_survival, 25-fly_survival)~.....family= binomial)

问题：与此对应的MCMCglmm是什么？ 我尝试了以下方法：

prior<-list(R=list(V=1e-10,nu=-1),G=list(G1=list(V=1,nu=1,alpha.mu=0,alpha.V=25^2)))

d$failure<-25-d$number_emerged_flies

m<-MCMCglmm(cbind(number_emerged_flies,failure)~1,  random=~animal,
                      pedigree=ped.d, 
                      data=d, 
                      family="multinomial2",
                      prior=prior)

此模型运行，但是显示：

 [snip] 
MCMC iteration = 0

Acceptance ratio for liability set 1 = 0.000558

                   MCMC iteration = 1000

 Acceptance ratio for liability set 1 = 0.448147

                   MCMC iteration = 2000

我不确定这到底意味着什么，以及该模型是否可以改进。

我还想知道：

• 是否将这种方法设置为“ multinomial2”以模拟比例数据是最好的方法？
• 什么是好的（无信息的）先验？
• 我看到有人设置了随机和残差“〜us（trait）：animal”和〜us（trait）：units？或“〜idh”。也许是愚蠢的，但是我并没有真正知道何时以及如何使用它们。当我通过添加“ us（trait）运行相同的模型时，该模型无法运行，并说：  “对比度只能应用于具有2个或更多级别的因子”