如何将Ensembl .gff3转换为12列.bed

Question

我正在尝试使用RSeQC的geneBody_coverage.py脚本，该脚本需要使用制表符分隔的12列.bed文件作为参考。为此，我使用gff2bed脚本将.gff3文件从Ensembl转换为.bed格式。运行该文件时，只会收到错误消息，通知我该文件不是12列格式。一位同事告诉我，他还尝试在Ensembl文件上使用gff2bed，而且格式也不适合他。有什么解决办法吗？

我用不同的.gff3 Ensembl文件尝试了相同的东西，但结果相同。我也尝试过gtf2bed，结果也一样。

Answer 1

我弄明白了。我使用了gff3ToGenePred，然后使用了UCSC实用程序中的genePredToBed工具。这将输出一个12列的.bed。