如何将CSV转换为GFF3?

时间:2019-05-17 15:29:56

标签: python csv biopython

我想将.csv文件转换为GFF3文件。 csv文件包含注释数据。我知道我应该先解析.csv文件,然后再编写.gff文件,但我不知道完整的代码

2 个答案:

答案 0 :(得分:0)

嗨 谢谢回答。这是我的.csv文件包含的内容: enter image description here

将其转换为GFF3应该很容易,因为它已经具有所有9列,我尝试通过制表符来分隔列,但是不幸的是,它不起作用。

答案 1 :(得分:0)

在Libreoffice中,合并需要在GFF3的第9列中的所有列。他们最终将被空间分隔开。然后,将文件导出为制表符分隔的值。结果文件将具有9个制表符分隔的列。使用sed用半冒号替换空格。另外,如果我没记错的话,ID应该是GFF3列9中的第一个属性,而不是Name。