将.fasta文件转换为.gff3文件

Question

我正在尝试使用Roary进行系统发育分析。

它说“或者你可以使用ncbi-genome-download来下载FASTA文件并用Prokka将它们转换为GFF3。”在https://sanger-pathogens.github.io/Roary/

我已经拥有了我需要的所有.fasta文件。

我应该如何将其转换为.gff3文件？

Answer 1

Fasta文件包含核苷酸或肽序列（细菌/古细菌基因组中的核苷酸）。另一方面，GFF3 format中的文件包含注释，对应于基因或其他基因组特征的间隔列表。可选地，Fasta序列可以附加到GFF3文件的末尾（由##FASTA指令分隔）。我个人认为将GFF3和Fasta合并到同一个文件中是可恶的，但显然这是某些软件包所必需的。

您提到了Roary文档中的以下摘录。

  

或者你可以使用ncbi-genome-download下载FASTA文件并用Prokka将它们转换为GFF3。

除非我弄错了， convert 在这里使用的是错误的词。 Prokka没有将 Fasta文件转换为GFF3文件，它将细菌/古菌基因组序列作为输入并注释它们。怎么做？你应该使用哪些参数？好吧，@ heathobrien是对的：你需要阅读prokka documentation（也许the paper）。