Question

我有很多.nexus个文件要转换为FASTA样式格式并合并为一个.fasta文件。这是一个示例代码：

for i in *.nexus;

do
 awk 'NR >5' /path/to/nexus_files/$i | tr -d "'" | tr " " "\n" | sed 's/locus/>locus/g' > /path/to/fasta/${i}.fasta
done

这适用于第一个nexus文件，但#NEXUS标题仍保留在后续转换中。

输入：

#NEXUS
begin data;
    dimensions ntax=1 nchar=300;
    format datatype=dna missing=? gap=-;
matrix
'locus1_individual-1' 
 ???????????????????????????????TAGATTTTTTAGTCCTTAC
;
end;

期望的输出：

>locus1_individual-1
???????????????????????????????TAGATTTTTTAGTCCTTAC

Answer 1

为了加快速度，你可以减少所需命令的数量：

for i in *.nexus;
do
 awk 'NR>5 {gsub(f,"");gsub(/ /,"\n");gsub(/uce/,">&");print}' f="'" /path/to/nexus_files/$i > /path/to/fasta/${i}.fasta
done

来自anishsane的想法。（全部在一个awk）

awk 'FNR>5 {sub(/\.nexus$/,"",FILENAME);sub(/.*\//,"/path/to/fasta/",FILENAME);gsub(f,"");gsub(/ /,"\n");gsub(/uce/,">&");print >FILENAME".fasta"}' f="'" /path/to/nexus_files/*

First sub从文件名中删除nexus扩展名第二个改变/path/to/fasta/的路径现在使用FNR非常重要，因为您在一个awk

中读取了多个文件

Answer 2

尝试：

for i in *.nexus;
do
 awk 'FNR >5' /path/to/nexus_files/$i | tr -d "'" | tr " " "\n" | sed 's/uce/>uce/g' > /path/to/fasta/${i}.fasta
done

NR是文件间的记录总数，FNR是每个文件的记录数，对于新文件重置为零。

将nexus转换为FASTA格式

输入：

期望的输出：

2 个答案: