使用R biomformat软件包将biom qiime文件导出到cvs

Question

我有一个通过qiime获得的biom文件，我想将分类和家属以及耳目导出到file.csv文件中

我有以下代码：

#import biom file
data <- read_biom("otu_table.biom")

#create the out_table 
otu_table <- as.data.frame(as.matrix(biom_data(data)))

#create a matrix of otus 

matrixbiom = as(biom_data(data), "matrix")

taxonomy <- observation_metadata(data)

所以我只想导出具有分类法的matrixbiom或otu_table

排序方式：file.csv

      sample1 sample2 sample3
Fam_1    1      0       5
Fam_2    0      9       1
Fam_3    10     2       1