Question

我想在R中导入一个.biom文件，该文件已从ftp服务器-Earth Microbiome Project（发行版1）下载。

文件来自以下链接：ftp://ftp.microbio.me/emp/release1/otu_tables/closed_ref_silva/ 我尝试了其中的几个文件，但我想在R（工作室）中导入的文件是第一个：“ emp_cr_silva_16S_123.qc_filtered.biom”（293MB）

我尝试了几件事：

我尝试同时使用phyloseq :: import_biome和bioformat :: read_biom函数打开它：

emp<-import_biom(BIOMfilename = biom.file)

我收到以下错误消息：

Both attempts to read input file:
E:/Path/to/my/data/EMP_data/emp_cr_silva_16S_123.qc_filtered.biom
either as JSON (BIOM-v1) or HDF5 (BIOM-v2).
Check file path, file name, file itself, then try again.

然后我使用“ fs”包的is_file函数检查了文件路径和名称。
然后我检查了要导入的.biom文件，使用记事本打开此.biom文件会显示奇怪的字符（对不起，但我不熟悉开发），例如：

ƒOB§ß;}] 0v（ÿQ<ãï8＃OÅ+ q8‚´';; ‹‹®Ü-¯§-‡ùP

我查看了我拥有的其他biom文件，但没有一个看起来像这样。我尝试使用相同的功能打开这些其他文件，并且它可以正常工作。

我试图从其他存储库（https://zenodo.org/record/890000）中获取此文件，但是有类似的问题。

问题很可能来自文件格式，但我不知道该如何处理。

Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] biomformat_1.8.0 phyloseq_1.24.2  fs_1.3.1        

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.2          bindr_0.1.1         compiler_3.5.0      pillar_1.4.2       
 [5] plyr_1.8.4          XVector_0.20.0      iterators_1.0.9     tools_3.5.0        
 [9] zlibbioc_1.26.0     jsonlite_1.6        tibble_2.1.3        nlme_3.1-137       
[13] rhdf5_2.24.0        gtable_0.2.0        lattice_0.20-35     mgcv_1.8-24        
[17] pkgconfig_2.0.2     rlang_0.4.0         igraph_1.2.4.1      Matrix_1.2-14      
[21] foreach_1.4.4       rstudioapi_0.10     yaml_2.1.19         parallel_3.5.0     
[25] bindrcpp_0.2.2      dplyr_0.7.6         stringr_1.3.1       cluster_2.0.7-1    
[29] Biostrings_2.48.0   S4Vectors_0.20.1    IRanges_2.14.10     multtest_2.36.0    
[33] tidyselect_0.2.5    stats4_3.5.0        ade4_1.7-11         grid_3.5.0         
[37] glue_1.3.1          Biobase_2.40.0      data.table_1.12.2   R6_2.4.0           
[41] survival_2.42-3     purrr_0.2.5         reshape2_1.4.3      Rhdf5lib_1.2.1     
[45] ggplot2_3.2.0       magrittr_1.5        splines_3.5.0       scales_1.0.0       
[49] codetools_0.2-15    MASS_7.3-50         BiocGenerics_0.26.0 assertthat_0.2.0   
[53] permute_0.9-4       ape_5.1             colorspace_1.4-1    stringi_1.1.7      
[57] lazyeval_0.2.1      munsell_0.5.0       vegan_2.5-5         crayon_1.3.4 ```

Answer 1

.biom文件经过加密，无限制或标签错误，因此我认为您无法以这种方式使用它。可用的版本应类似于此处给出的示例： http://biom-format.org/documentation/format_versions/biom-1.0.html

您可以询问文件所有者是否可以为您提供正确的版本。

从R中的“地球微生物组项目”（版本1）导入.biom文件时出现问题

1 个答案: