从R中的条形图中删除线条

Question

我使用RStudio

为宏基因组数据创建了一个条形图

plot_bar(mp3, "Sampletype", fill = "Family", title = title)

但是我在酒吧里面有线条。我需要没有任何线条的明显条形图。怎么做？

库（ “phyloseq”）; packageVersion（ “phyloseq”）

库（ “biomformat”）; packageVersion（ “biomformat”）

库（ “GGPLOT2”）; packageVersion（ “GGPLOT2”）

库（ “phyloseq”）; packageVersion（ “phyloseq”）

库（ “biomformat”）; packageVersion（ “biomformat”）

库（ “GGPLOT2”）; packageVersion（ “GGPLOT2”）

biom1 = biomformat :: read_biom（biom_file =“otu_table.json.biom”）

mp0 = import_biom（biom1，parseFunction = parse_taxonomy_greengenes）

tax_table（mp0）＆lt; - tax_table（mp0）[，1：7]

treeFile1 =“rep_set.tre”

tree1 = read_tree（treeFile1）

树1

类（树1）

mp2 = merge_phyloseq（mp1，tree1） MP2 repseqFile =“seqs_rep_set.fasta”

bs1 = Biostrings :: readDNAStringSet（repseqFile） 名称（bs1）＆lt; - gsub（“\ s。+ $”，“”，名称（bs1））

总和（％taxa_names（mp2）中的名称（bs1）％） mp3 = merge_phyloseq（mp2，bs1）

plot_bar（mp3，“Sampletype”，fill =“Family”，title = title）

Answer 1

来自plot_bar包的

phyloseq使用ggplot进行绘图。您可以通过在控制台中键入plot_bar来查看plot_bar的代码，从而产生：

function (physeq, x = "Sample", y = "Abundance", fill = NULL, title = NULL, 
          facet_grid = NULL) {
    mdf = psmelt(physeq)
    p = ggplot(mdf, aes_string(x = x, y = y, fill = fill))
    p = p + geom_bar(stat = "identity", position = "stack", color = "black")
    p = p + theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, hjust = 0))
    if (!is.null(facet_grid)) {
        p <- p + facet_grid(facet_grid)
    }
    if (!is.null(title)) {
        p <- p + ggtitle(title)
    }
    return(p)
}

如您所见，该功能包括以下声明：

geom_bar(stat = "identity", position = "stack", color = "black")

color="black"参数是导致黑线的原因。这是一个非常基本的条形图，您可以根据以下代码创建自己的函数：

library(phyloseq)

my_plot_bar = function (physeq, x = "Sample", y = "Abundance", fill = NULL, title = NULL, 
                        facet_grid = NULL) {
    mdf = psmelt(physeq)
    p = ggplot(mdf, aes_string(x = x, y = y, fill = fill))
    p = p + geom_bar(stat = "identity", position = "stack")
    p = p + theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, hjust = 0))
    if (!is.null(facet_grid)) {
        p <- p + facet_grid(facet_grid)
    }
    if (!is.null(title)) {
        p <- p + ggtitle(title)
    }
    return(p)
}

请注意，唯一的变化是我删除了color="black"。您现在可以运行my_plot_bar而不是plot_bar并获得没有黑线的条形图。

my_plot_bar(mp3, "Sampletype", fill = "Family", title = title)