将biom转换为经典格式？

Question

是否仍然可以将.biom表从QIIME转换为QIIME＆＃34; classic＆＃34;与Explicet一起使用的OTU表格式？ 我试过从biom-format.org运行命令

  

biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt --to-tsv --header-key taxonomy

但是给出了错误：

  

biom convert：错误：没有这样的选项： - to-tsv

有什么想法吗？

Answer 1

我也在使用QIIME并完成了Wernerlab的教程。在这里，我已成功将.biom表转换为文本文件，同时使用biom convert命令。也许您可以在命令行there中找到澄清：

biom convert -i otu_table.biom -o otu_table_tabseparated.txt -b --header-key="taxonomy" --output-metadata-id="Consensus Lineage"

干杯， 丹尼斯