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该问题称为“最小重量完美匹配”。 Kolmogorov, V. - Blossom V: A new implementation of a minimum cost perfect matching algorithm提出了一种有效的算法。论文is available中的算法的C ++实现(从here中检索;论文本身给出的链接不再有效)。
粗略的Google搜索建议各种图形处理库(例如LEDA)在其工具箱中都包含一种用于解决问题的算法。
注意
我尚未测试所引用论文的实现,也不知道使用该论文的法律地位。