我正在尝试识别由系统树树中的节点对界定的边号。例如，假设内部分支 1 由节点 22 和 23 绑定。当然，可以用function startTimer(duration, display) {
var timer = duration, minutes, seconds;
setInterval(function () {
minutes = parseInt(timer / 60, 10);
seconds = parseInt(timer % 60, 10);
minutes = minutes < 10 ? "0" + minutes : minutes;
seconds = seconds < 10 ? "0" + seconds : seconds;
display.textContent = minutes + ":" + seconds;
if (--timer < 0) {
timer = duration;
}
}, 1000);
duration = timer;
}
和nodelabels()来实现，但是我正在研究具有成千上万个技巧的系统发育系统，因此需要一种自动化的方法。
是否有任何命令将节点号与边号匹配？
答案 0 :(得分：0)
您可以将存储在phylo对象中的边表用作$edge：
## A random tree
tree <- rtree(5)
tree$edge
# [,1] [,2]
#[1,] 6 7
#[2,] 7 1
#[3,] 7 2
#[4,] 6 8
#[5,] 8 3
#[6,] 8 9
#[7,] 9 4
#[8,] 9 5
读取这些表的方式是：行号是边缘号（您要查找的内容），第一列是父节点，第二列是子提示/节点：
## The edge table
edge_table <- tree$edge
rownames(edge_table) <- paste("edge", 1:nrow(edge_table), sep = ""))
colnames(edge_table) <- c("parent", "child")
edge_table
# parent child
#edge1 6 7
#edge2 7 1
#edge3 7 2
#edge4 6 8
#edge5 8 3
#edge6 8 9
#edge7 9 4
#edge8 9 5
节点/技巧1至5（Ntip(tree)）是技巧，然后6是直到Ntip(tree) + Nnode(tree)的第一个节点（例如根）。