如何获得R中系统发育树的节点顺序？

Question

我使用R包 ggtree 来绘制系统发育树，我需要知道提示的顺序，以便我可以将它与每个提示的特定信息结合起来。当然我可以手动记录订单，但我有很多这些树。更重要的是，与树图中显示的顺序相比，tr $ tip.label给出了不同的节点顺序。

我需要的是一些R脚本可以从系统发育树对象中获得正确的提示顺序，当R绘制树时，它应该是相同的顺序。

树：

tr$tip.label给出：

  

“seq6”“seq16”“seq12”“seq34”“seq5”“seq35”“seq41”“seq19”“seq22”“seq54”“seq7”“seq26”“seq9”“seq14”“seq4”“seq8 “    “seq33”“seq11”“seq2”“seq13”“seq45”“seq42”“seq50”“seq3”“seq18”“seq29”“seq52”“seq53”“seq32”“seq21”“seq38”“seq51”    “seq24”“seq47”“seq48”“seq43”“seq39”“seq23”“seq28”“seq1”“seq25”“seq40”“seq46”“seq36”“seq15”“seq49”

我想要的：

每个树尖与具有特定颜色的线对齐。

Answer 1

> library(ggtree)
> set.seed(123)
> tr = rtree(15)
> d=fortify(tr)
> dd = subset(d, isTip)
> dd$label[order(dd$y, decreasing=TRUE)]
 [1] "t5"  "t8"  "t4"  "t10" "t12" "t1"  "t2"  "t3"  "t11" "t13" "t9"  "t6" 
[13] "t14" "t7"  "t15"

以下是获取与其位置对应的提示标签的示例。