Question

我想在第一个节点上只绘制一个点，然后在第一个节点中绘制另一个点。到目前为止，我可以绘制点，但只能同时绘制所有点，我找不到单独绘制它的方法。到目前为止我所拥有的：

library(ape)
t3 = '((a:1,b:1):1,(c:1.5,d:0.5):0.5):1;'
plot(read.tree(text = t3),root.edge=T)
nodelabels(pch=21, col="black", adj=1, bg='blue', cex=2)

感谢任何帮助

Answer 1

这不是确切的答案，但它应该有所帮助。我通过查看nodelabels函数的代码得到了这个。

library(ape)
t3 = '((a:1,b:1):1,(c:1.5,d:0.5):0.5):1;'
plot(read.tree(text = t3),root.edge=T)

lastPP <- get("last_plot.phylo", envir = .PlotPhyloEnv)
node <- (lastPP$Ntip + 1):length(lastPP$xx)
XX <- lastPP$xx[node]
YY <- lastPP$yy[node]
BOTHlabels(text="", node, XX[1], YY[1], adj = c(0.5, 0.5), 
frame = "rect", pch = 21, thermo = NULL, pie = NULL, 
piecol = NULL, col = "blue", bg = "blue", 
horiz = FALSE, width = NULL, height = NULL, cex=2)

XX和YY给出了节点。在这里，我只使用第一个。您需要做的提示也类似。看看tiplabels的代码。

Answer 2

您可以在nodelabels函数内使用“ node”参数定义要绘制到哪个节点，对于tiplabels函数也要使用“ tip”参数进行定义。所以：

library(ape)
t3 = '((a:1,b:1):1,(c:1.5,d:0.5):0.5):1;'
tree <- read.tree(text = t3)
first_node <- length(tree$tip.label)+1
plot(tree, root.edge=T)
nodelabels(node = first_node, pch=21, col="black", bg='blue', cex=2)
tiplabels(tip = 1, pch=21, col="black", bg='blue', cex=2)

系统发育树R中的绘制点

2 个答案: