Question

我正在尝试使用bioperl从newick树中删除节点。树文件包含以下数据：

（（（A：5，B：5）90：2，C：4）25：3，d：10）;

以下是代码：

use Bio::TreeIO;
use Bio::Tree::TreeFunctionsI;
use strict;
use warnings;
my $input = new Bio::TreeIO(-file   => "tree.newick", -format => "newick");
my $tree = $input->next_tree;
my $bool = $tree-> remove_Node('B');
print $bool;

输出：1;

所以remove_Node正在工作，但问题是当我打开树文件时我发现节点仍然存在！... 代码有什么问题？如何从树中删除节点？

提前致谢。

Answer 1

use strict;
use warnings;
use Bio::TreeIO;
use Bio::Tree::TreeFunctionsI;

my $in  = Bio::TreeIO->new( -format => 'newick', 
                            -file   => 'tree.newick' );

my $out = Bio::TreeIO->new( -format => 'newick' );

while ( my $tree = $in->next_tree ) {
   $tree->remove_Node('B');
   $out->write_tree($tree);
}

bioperl从newick树中删除一个节点

1 个答案: