Question

我在将二进制生根树转换为newick格式时遇到问题。可以找到这种格式的完整说明：http://code.google.com/p/mrsrf/wiki/NewickTree

newick格式的一个例子如下：

表示{T}，例如http://www.cs.mcgill.ca/~cs251/OldCourses/1997/topic8/images/completetreetwo.gif newick表示将是：（（（8,9），（10,11）），（（12,13），（14,15）））

内部节点将成为逗号，而将保留叶子。

这些树有内部节点，总是有两个孩子。

我使用递归来解决这个新的格式问题。输出包含太多的节点和大括号。

任何评论都可以解决这个问题，甚至欢迎使用迭代算法

import java.util.Stack;



public class Tree {

....

public String inOrderNewick(Node root, String output) throws ItemNotFoundException {
    if (root.hasChild()) {
        output += "(";
        output += inOrderNewick(root.child1, output);
        output += ",";
        output += inOrderNewick(root.child2, output);
        output += ")";
        return output;
    } else {
        return root.getSeq();
    }

}

//编辑：按照建议实施更改。但树的所需输出是（（S3，（S1，S2）），（S4，S5））实际输出为（（（S3，（（S3，（S1，S2）），（（（S3，（（S3，（S1，S2）），（S4，S5））

这告诉我存在逻辑错误。也许需要有旗帜？

Answer 1

也许你对理解递归有一个缺陷。您不需要“输出”参数。计算子树时，不需要先前节点的表示。像这样：

public String inOrderNewick(Node root) throws ItemNotFoundException {
    if (root.hasChild()) {
        String output = "";
        output += "(";
        output += inOrderNewick(root.child1);
        output += ",";
        output += inOrderNewick(root.child2);
        output += ")";
        return output;
    } else {
        return root.getSeq();
    }
}

Answer 2

固定代码仅适用于每个节点0或2个子节点的树。

这适用于任意二叉树+添加分支距离参数：

BinaryTree left;
BinaryTree right;
double ldist;
double rdist;
String label;

//...    

public String toNewick(){

        if(right==null && left==null){
          return label.toString();
        }

        String output = "(";
        if(right!=null){
          output+=right.toNewick()+":"+rdist;
        }
        if(right!=null && left!=null){
          output+=",";
        }
        if(left!=null){
          output+=left.toNewick()+":"+ldist;
        }
        output += ")";    

        return output;
}

将树转换为newick格式。 java的

2 个答案: