我通过读取FASTA文件创建了一个距离矩阵,现在我被要求编写一个函数,该函数将以newick字符串格式生成一个系统发育树。该函数将一个参数作为距离矩阵。你可以帮我开始一些代码吗?
格式示例:
打印(UPGMA(爱德华兹))
(E:17.00,((((F:0.50,B:0.50):5.75,G:6.25):2.00,(d:4.00,A:4.00):4.25):6.25,C:14.50): 2.50)
答案 0 :(得分:1)
BioPython的Seq
类型没有iter_kmer
方法。也许你正在寻找skbio
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