将距离矩阵转换为Newick格式

时间:2014-02-04 15:35:39

标签: python heatmap biopython etetoolkit

我的最终目标是制作一个合并热图和系统发育树的图。我已经完成了热图,我也在BioPython中找到了ETE2包可以帮助我合并这两种图,但是ETE2需要Newick格式(树状)而不是距离矩阵(我有)作为输入。有没有人知道BioPython中的一个模块来帮助我做到这一点?

1 个答案:

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似乎在Biostars中有一个thread。哪个指向answer转换这些格式,然后跟随ETE邮件列表的this discussion

我在网上找到this converter,我不确定它是否适合你。


要求找到工具offtopic,我刚刚进行了谷歌研究......