Question

我想将一棵树从newick转换为graphml格式，以便可以使用cytoscape打开它。

因此，我有一个文件“ small.newick”，其中包含：

((raccoon:1,bear:6):0.8,((sea_lion:11.9, seal:12):7,((monkey:100,cat:47):20, weasel:18):2):3,dog:25);

到目前为止，我是这样做的（Python 3.6.5 | Anaconda）：

from Bio import Phylo
import networkx
Tree = Phylo.read("small.newick", 'newick')
G = Phylo.to_networkx(Tree)
networkx.write_graphml(G, 'small.graphml')

克莱德（Clade）出现问题，我可以使用以下代码进行修复：

from Bio import Phylo
import networkx

def clade_names_fix(tree):
    for idx, clade in enumerate(tree.find_clades()):
        if not clade.name:
            clade.name=str(idx)

Tree = Phylo.read("small.newick", 'newick')
clade_names_fix(Tree)
G = Phylo.to_networkx(Tree)
networkx.write_graphml(G, 'small.graphml')

给我一些看起来不错的东西：

我的问题是：

这是个好方法吗？对我来说似乎很奇怪，该函数没有处理内部节点名称
如果用足够长的字符串替换一个节点名称，则将使用命令 Phylo.to_networkx（Tree）对其进行修剪。如何避免呢？

示例：用“ test_tring_that_create_some_problem_later_on”代替“狗”

Answer 1

看起来您已经在这方面走得很远了。我只能为您提供一些替代方法/扩展方法...

很遗憾，我找不到可以读取此格式的Cytoscape应用。我尝试搜索PHYLIP，NEWICK和PHYLO。您可能会有更多的运气：
- http://apps.cytoscape.org/
有一个旧的Cytoscape 2.x插件可以读取此格式，但是要运行此插件，您需要安装Cytoscape 2.8.3，导入网络，然后导出为xGMML（或另存为CYS）和然后尝试在Cytoscape 3.7中打开，以便迁移回使用代码的领域。再说一次，如果2.8.3完成了这种特殊情况所需的工作，那么也许您就不需要迁移：
- http://apps.cytoscape.org/apps/phylotree
最好的方法是编程的，您已经探讨过了。找到将NEWICK转换为iGraph或GraphML的R或Python软件包是一个可靠的策略。请注意，这些语言也有更新且精巧的Cytoscape库，因此您可以在脚本编写环境中进行所有标签清理，布局，数据可视化，分析，导出等操作：
- https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RCy3.html
- https://py2cytoscape.readthedocs.io/en/latest/

Answer 2

经过研究，我实际上找到了一个可行的解决方案。亲爱的读者，我决定在这里为您提供链接： going to github

使用python

2 个答案: