如何将系统发育树的每个节点与其他节点进行比较?

时间:2019-04-29 08:47:09

标签: python tree phylogeny

我想将系统发育树的每个节点与另一棵树进行比较,并获得两者之间的距离。最终,我还希望仅打印小于特定级别的距离。 (Pycharm)

这是我用来获取代码的示例树,之后我将其用于“真实”树。

from ete3 import Tree

nw = '(((A:0.1, B:0.01):0.001, C:0.0001):1.0, (((((D:0.00001, I:0):0, F:0):0,G:0),H:0): E:0.000001):0.0000001):2.0;'

t = Tree(nw)

print(t)

print("The distance between A and C is", t.getdistance("A", "C))

结果是:The distance between A and C is 0.10110000000000001

所以我想为每个节点获取此信息,所以A对B,A对D,A对E,D对E,F对G ......

然后我要消除距离大于0.8的结果

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