Question

R中的门生对象可以具有内部节点标签（phylo_obj$node.label），但是许多R函数使用节点号代替节点标签。甚至系统目标本身也使用节点号来描述边缘（phylo_obj$edge），并且似乎没有内部节点标签到这些用于phylo_obj$edge的节点号的直接映射。如何将节点标签（例如“ NodeA”或“ Artiodactyla”）映射到节点编号（例如250或212）？我找不到任何R函数或与此相关的文档。

Answer 1

不确定此处的目标是什么，但是如果要在边缘表中选择特定的节点号，并在节点标签向量中选择等效的节点号，则可以简单地使用tree$node.label[node_number - Ntip(tree)]。

更多详细信息：

## Simulating a random tree
set.seed(1)
my_tree <- rtree(10)
my_tree$node.label <- paste0("node", seq(1:9))
## Method 1: selecting a node of interest (e.g. MRCA)
mrca_node <- getMRCA(my_tree, tip = c("t1", "t2"))
#[1] 16

mrca_node现在是边缘表中节点的ID（在这种情况下，该数字大于10）。要选择等效的节点标签，您只需从mrca_node中选择提示数：

## The node label for the mrca_node
my_tree$node.label[mrca_node-Ntip(my_tree)]
#[1] "node6"

或者，您可以从边缘表中选择节点标签

## Method 2: directly extracting the nodes from the edge tables

node_labels_in_edge <- my_tree$node.label[my_tree$edge[,1]-Ntip(my_tree)]
tips_nodes <- my_tree$edge[,2]

select.tip.or.node <- function(element, tree) {
    ifelse(element < Ntip(tree)+1, tree$tip.label[element], tree$node.label[element-Ntip(tree)])
}

edge_table <- data.frame(
                "parent" = my_tree$edge[,1],
                "par.name" = sapply(my_tree$edge[,1], select.tip.or.node, tree = my_tree),
                "child" = my_tree$edge[,2],
                "chi.name" = sapply(my_tree$edge[,2], select.tip.or.node, tree = my_tree)
                )
#   parent par.name child chi.name
#1      11    node1    12    node2
#2      12    node2     1      t10
#3      12    node2    13    node3
#4      13    node3     2       t6
#5      13    node3     3       t9
#6      11    node1    14    node4
#7      14    node4    15    node5
#8      15    node5    16    node6
#9      16    node6     4       t1
#10     16    node6    17    node7
#11     17    node7     5       t2
#12     17    node7     6       t7
#13     15    node5     7       t3
#14     14    node4    18    node8
#15     18    node8    19    node9
#16     19    node9     8       t8
#17     19    node9     9       t4
#18     18    node8    10       t5

R phylo对象：如何连接节点标签和节点号

1 个答案: