如何在R中使用ape包绘制树状图？

Question

我的距离矩阵大小约为200 x 200我无法使用R中的ape库的BioNJ选项绘制树状图 尺寸很大，可以使情节可见 我可以通过哪些方式提高可见度

Answer 1

两种选择，具体取决于您的数据

如果您需要计算数据的距离矩阵，请使用

set.seed(1)                          # makes random sampling with rnorm reproducible
# example matrix
m <- matrix(rnorm(100), nrow = 5)    # any MxN matrix
distm <- dist(m)                     # distance matrix
hm <- hclust(distm)
plot(hm)

如果您的数据是距离矩阵（必须是方阵！）

set.seed(1)
# example matrix
m <- matrix(rnorm(25), nrow=5)       # must be square matrix!
distm <- as.dist(m)
hm <- hclust(distm)
plot(hm)

200 x 200距离矩阵为我提供了合理的情节

set.seed(1)
# example matrix
m <- matrix(rnorm(200*200), nrow=200)       # must be square matrix!
distm <- as.dist(m)
hm <- hclust(distm)
plot(hm)