使用来自ape包的nodelables时出现floating.pie错误

Question

在R中使用ace函数的ARD模型时出错。错误是

  

floating.pie.asp（XX [i]，YY [i]，pie [i，]，radius = xrad [i]，col = piecol）出错：     floating.pie：x值必须是非负的

library(ape)
library(phylobase)
tree <- read.nexus("data1.nexus")
plot(tree)
data <- read.csv("phagy_species.csv")
clade.full <- extract.clade(tree, node=91)
plot(clade.full)
clade.1 <- drop.tip(clade.full, "Bar_bre")
clade.2<- drop.tip(clade.1, "Par_pho")
clade.3<- drop.tip(clade.2, "Par_iph")
clade.4<- drop.tip(clade.3, "Eur_ser")
clade.5<- drop.tip(clade.4, "Opo_sym")
clade.6<- drop.tip(clade.5, "Mor_pel")
clade.7<- drop.tip(clade.6, "Aph_hyp")
clade.8<- drop.tip(clade.7, "Ere_oem")
clade.9<- drop.tip(clade.8, "Cal_bud")
clade.10<- drop.tip(clade.9, "Lim_red")
clade.11<- drop.tip(clade.10, "Act_str")
clade.12<- drop.tip(clade.11, "Hel_hec")
clade.13<- drop.tip(clade.12,"Col_dir")
clade.14<- drop.tip(clade.13, "Hyp_pau")
clade.15<- drop.tip(clade.14, "Nym_pol")
clade.16<- drop.tip(clade.15, "Mel_cin")
clade.17<- drop.tip(clade.16,"Apa_iri")
clade.18<- drop.tip(clade.17, "Bib_hyp")
clade.19<- drop.tip(clade.18, "Mar_ors")
clade.20<- drop.tip(clade.19, "Apo_cra")
clade.21<- drop.tip(clade.20, "Pse_par")
clade.22 <- drop.tip(clade.21, "Lep_sin")
clade.23<- drop.tip(clade.22, "Dis_spi")
plot(clade.23)
data2 <- as.numeric(data[,2])
model2 <- ace(data2, clade.23, type="discrete", method="ML", model="ARD")
summary(model2)
d <-logLik(model2)
deviance(model2)
AIC(model2)
plot(clade.23, type="phylogram", cex=0.8, font=3, label.offset = 0.004)
co <- c("red", "blue", "green", "black")
nodelabels(pie = model2$lik.anc, piecol = co, cex = 0.5)

那是我收到错误的时候。如果我在没有修剪的情况下使用原始树，则没有错误。但是，当我按照我的要求修剪它们时，它就会消极。

这是数据  tree file

data file

Answer 1

您用于饼图比例的矩阵中包含复数。要看到这一点，请尝试：

class(model2$lik.anc[1,1])

该矩阵的行定义了馅饼的比例，它们需要总和为1.如果我在nodelabels函数中替换饼图矩阵，则代码会生成带有饼的图：

nodelabels(pie = matrix(0.25, 64, 4), piecol = co, cex = 0.5)

因为现在有pie参数的合法矩阵，其行总和为1。

至于为什么你在这个矩阵中有复数，我不确定。它可能与您示例中ace生成的所有警告有关。但这是一个完全不同的问题。

Answer 2

我的数据有同样的问题。我将数据放入矩阵（如Slow Ioris建议的那样），然后取消列出矩阵。

x <- matrix(data=c(model2$lik.anc[,1],model2$lik.anc[,2],model2$lik.anc[,3],model2$lik.anc[,4]))
plotTree(tree,ftype="i",label.offset = 0.02)
nodelabels(pie = unlist(x))

Answer 3

对于其他在清除数据的可想象部分之后也遇到相同问题的人：当您向pie提供data.frame而不是矩阵时，nodelabels函数也会出现相同的错误。