猿包 - 打印生成的树

Question

我正在使用R中的ape包来生成系统发育树。我想以png格式打印出生成的树，以便将图像传输到网站。我似乎无法找到打印出生成的树的命令（如果可能的话）。一些建议/见解将不胜感激。

Answer 1

听起来你正在为树（类“phylo”）的对象寻找情节方法，例如：

library(ape)
tt <- rcoal(10)
png("phylo1.png")
plot(tt)
dev.off()

?plot.phylo提供了有关自定义绘图的众多选项的信息。

还有更多绘图选项，例如：来自vignette for the phylogram package：

  

可以使用统计绘图函数plot.dendrogram从树状图对象生成出版品质的树，以及树形图增强包中可用的广泛绘图函数，例如circlize（Z. Gu et al.2014）和dendextend（Galili） 2015年）。后者还提供了将树状图转换为“ggdend”对象的工具，ggplot2（Wickham 2009）和ggdendro（DeVries和Ripley 2016）包中提供了许多强大的“图形语法”绘图功能。此外，ape包中的“phylo”对象有几种高级绘图选项（E. Paradis，Claude和Strimmer 2004），通过Newick导入/导出函数read.dendrogram和write.dendrogram可以访问树形图对象。 ..