Ape包 - 提取节点之间的距离

Question

我目前正在使用ape包。我的想法是提取对应于每个节点的提示标签以及节点之间的距离。我怎么能这样做？

非常感谢你的帮助

Answer 1

以下是如何解释phylo对象中节点/提示之间的距离（请注意，对于dispRity::tree.age，您需要从GitHub https://github.com/TGuillerme/dispRity安装dispRity ）：

set.seed(1)
tree <- rtree(5)
tree$node.label <- paste0("n", 6:9)
plot(tree)
nodelabels(tree$node.labe)
axisPhylo()

## The distance between each tip
cophenetic(tree)

## The height of each tip and node
library(dispRity)
dispRity::tree.age(tree, order = "present")

## The distance between each nodes/tips
distances <- cbind(tree$edge, tree$edge.length)
colnames(distances) <- c("from", "to", "distance")
distances

该距离表从元素（尖端/节点）n读取到元素（尖端/节点）m。编号的工作原理如下：1是树中的第一个提示（tree$tip.label[1]），2是第二个等... 6（提示数+ 1）是树中的第一个节点（{{1} }）等等。