如何使用工具覆盖率评估基因组装配？

Question

我一直在尝试使用“ bedtools coverage”命令来尝试评估我的基因组装配的覆盖范围以及任何反演的存在等。我必须对某些事情有一个基本的误解：我使用BWA从中创建BAM文件。我的读物和参考基因组。我的印象是，这个BAM文件是我的读物与所述基因组的比较。为什么然后我需要将基因组输入到工具床的覆盖范围内-我的BAM文件是否应该已经包含相关的基因组？关于如何处理此问题或适当的第二输入将有何建议？

Answer 1

床具覆盖范围不需要您的基因组。您只需要bam文件和基因组大小文件。

我猜他们的名字确实有些混乱。虽然如果您看到他们的“ -d”示例

https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/genomecov.html

“ my.genome”只有两列，第一列是染色体，第二列是列的大小。

如果您的输入是床文件，则他们需要此文件，我想他们只是不愿意通过阅读标题来专门支持bam文件。