如何使用blat工具搜索基因组中的基因?

时间:2014-01-30 15:54:40

标签: search genome blat

我需要使用blat工具。我需要找到基因组中某些基因的起始和终止位置。我从以下链接下载了该工具: http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat.html,一个blat文件+ blatSrc.zip文件。 我不知道如何运行它。用户指南可在以下链接中找到: http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html

任何人都可以告诉我,为了得到我的结果,我必须写出哪个命令?

感谢。

1 个答案:

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基本命令是: blat数据库查询output.psl

例如,如果要在人类基因组中搜索特定序列,您的命令可能是: blat hg19.fa query_sequence.fa output.psl

在此处查看更多详情: http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html