如何将长基因名称改为某些自动缩写(微阵列数据处理)?

时间:2013-09-04 17:54:22

标签: bioinformatics data-processing genome

有没有自动方法将长基因名称列表(如Cadherin_3453)转换为缩写,如CDHRN_3453? Genomics,Bioinformatics中是否有任何缩写名称约定?

对不起,此处没有代码

2 个答案:

答案 0 :(得分:0)

HUGO database试图标准化基因名称。根据您的使用情况,您可以尝试每次访问在线搜索或download the data并使用您自己的数据库。

答案 1 :(得分:0)

由于你没有发布你想要的编程语言,我猜这只是一个你想做的简单的一次性练习。

虽然它不是真正的缩写,但您可以删除基因名称中的所有元音(正如您在示例中可能偶然所做的那样)。

你应该使用:

http://www.togglecase.com/convert_to_disemvowelled_text.php

可以将Cadherin_3453更改为Cdhrn_3453

如果您希望能够使用可以根据您的特定需求定制的程序来执行此操作,则可以查看此SO问题:String replace vowels in Python?