我正在组装the末端神经节（Gryllus bimaculatus）的转录组。我们正在研究一种非模型物种，因此在制备图书馆时并未消除核糖体污染。我们想以生物信息学的方式去除核糖体污染，我正在将我们的序列映射到席尔瓦核糖体数据库（https://www.arb-silva.de/）中，这些序列已使用fastqc和rcorrector进行了质量控制。我将fasta silva数据库文件上传到HPC，将它们连接起来，转换为U-> T，然后bowtie2为生成的fasta文件建立索引。现在，当我们想要将序列映射（bowtie2-align）到silva数据库时遇到问题。您以前遇到过这样的错误吗？如果是这样，您如何解决呢？
我已经尝试了此脚本的许多变体，几乎只是在对我周围加星号（**）的区域进行了故障排除。对于加注星标的部分，我还尝试了--sensitive-local，--fast-local和--very-fast-local，并使用了不同的线程组合和以下moosehead命令：
qsub -l 10g = true -pe smp 16 silva_test9.sh
qsub -l gpu = 1 -pe smp 16 silva_test10.sh
qsub -l 10g = true -pe smp 40 silva_test5.sh
在将脚本提交给我们校园的HPC时，我还玩过线程数（在“ smp”之后）。
在脚本本身中，我还使用了--threads数量。除了使用cpu作为变量外，我还只是在其中放置了线程数（12、16、40等）。我们可以使用的最大RAM容量为360gb。
大多数时候，我在几个小时甚至几天后中止工作。在正确的位置创建了输出文件，但是其中没有任何内容。我一直收到的错误消息是“ bowtie2死于信号9（KILL）”。
#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -j y
#$ -S
#$ -pe smp 40
#$ -M mprasad@bowdoin.edu -m be
export silva_db=/mnt/research/hhorch/term_RNAseq_analysis/silva_db/silva_db/silva_db
export r1=/mnt/research/hhorch/term_RNAseq_analysis/trimmed_reads_cor_val/fixed_1C_1_R1.cor_val_1.fq
export r2=/mnt/research/hhorch/term_RNAseq_analysis/trimmed_reads_cor_val/fixed_1C_1_R2.cor_val_2.fq
export summary=/mnt/research/hhorch/term_RNAseq_analysis/rRNA/1C_1_rrna_summary.txt
export mapped=/mnt/research/hhorch/term_RNAseq_analysis/rRNA/rrna_mapped_1C_1
export unmapped=/mnt/research/hhorch/term_RNAseq_analysis/rRNA/rrna_unmapped_1C_1
export single_mapped=/mnt/research/hhorch/term_RNAseq_analysis/rRNA/single_mapped_1C_1
export single_unmapped=/mnt/research/hhorch/term_RNAseq_analysis/rRNA/single_unmapped_1C_1
bowtie2 **--very-sensitive-local** --phred33 -x $silva_db -1 $r1 -2 $r2 **--threads 40** --met-file $summary --al-conc-gz $mapped --un-conc-gz $unmapped --al-gz $single_mapped --un-gz $single_unmapped -S "$name"_out.sam
我希望输出完成摘要，未映射，single_mapped和single_unmapped文件，这些文件可以在文件路径/ mnt / research / hhorch / term_RNAseq_analysis / rRNA中找到。我一直在密切关注哈佛大学从头转录组大会（https://informatics.fas.harvard.edu/best-practices-for-de-novo-transcriptome-assembly-with-trinity.html）的最佳实践。