使用snakemake打印简化的DAG图

Question

我有一个很长的snakemake工作流程，它处理带有许多并行规则的9个样本。当我使用以下方法为DAG创建图片时：

snakemake --forceall --dag | dot -Tpdf > dag.pdf

生成的dag图非常庞大且非常冗余（并且由于节点位置复杂而很难看）。

是否可以生成一个标准的dag图，该图不会显示每个任务的9个节点，而仅显示所有步骤的主要路径？

我认为od可以将样本列表简化为一个样本，但是希望有一种更好的方法而无需触及蛇文件（秘密参数？）

谢谢

Answer 1

使用标志--rulegraph代替--dag。