带KeyError的InputFunctionException

Question

假设我在python中有一个代码生成一个字典作为结果。我需要在单独的文件夹中编写字典的每个元素，稍后将由snakemake中的其他规则集使用。 我已经编写了如下代码，但它不起作用！

simulation_index_dict={1:'test1',2:'test2'}


def indexer(wildcards):
    return(simulation_index_dict[wildcards.simulation_index])

rule SimulateAll:
       input:
        expand("{simulation_index}/ProteinCodingGene/alfsim.drw",simulation_index=simulation_index_dict.keys())



rule simulate_phylogeny:
    output:
        ProteinCodingGeneParams=expand("{{simulation_index}}/ProteinCodingGene/alfsim.drw"),
        IntergenicRegionParams=expand("{{simulation_index}}/IntergenicRegions/dawg_IR.dawg"),
        RNAGeneParams=expand("{{simulation_index}}/IntergenicRegions/dawg_RG.dawg"),
        RepeatRegionParams=expand("{{simulation_index}}/IntergenicRegions/dawg_RR.dawg"),
    params:
        value= indexer,
    shell:
        """
        echo {params.value} > {output.ProteinCodingGeneParams}
        echo {params.value} > {output.IntergenicRegionParams}
        echo {params.value} > {output.RNAGeneParams}
        echo {params.value} > {output.RepeatRegionParams}
        """

它返回的错误是：

InputFunctionException in line 14 of /$/test.snake:
KeyError: '1'
Wildcards:
simulation_index=1

似乎问题在于规则的params部分，因为删除它会消除错误，但我无法弄清楚params有什么问题！

Answer 1

解决方案：使用字符串作为字典键

可以从错误消息（KeyError: '1'）中猜测字典中的某些查询在'1'的密钥上出错，这恰好是一个字符串。

然而，indexer＆＃34; params＆＃34;中使用的词典函数有整数作为键。

显然，使用字符串而不是整数作为此simulation_index_dict字典的键可解决问题（请参阅问题下方的评论）。

原因：工作流程推断期间丢失类型信息

问题的原因可能是分配给simulation_index_dict.keys()中simulation_index的{​​{1}}参数的值的整数性质（继承自expand）是＆ ＃34;遗忘＆＃34;在工作流推理的后续步骤中。

实际上，SimulateAll会产生一个字符串列表，然后将其与其他规则（也包含字符串）的输出进行匹配，以推断expand属性的值（这也是字符串）。因此，执行wildcards函数时，indexer是一个字符串，这会在wildcards.simulation_index中查找时导致KeyError。