Question

在snakemake上
我正在

Building DAG of jobs...
Nothing to be done.

如果我尝试

snakemake -n dag

我知道

Building DAG of jobs...
MissingRuleException:
No rule to produce dag (if you use input functions make sure that they don't raise unexpected exceptions).

我无法找出问题所在。

我的主要蛇文件：

configfile: "config_rules/config.yaml"

include : "config_rules/wholeblood.smk"

wholeblood.smk文件：

# GLOBAL
g_blood = "whole"

rule all:
    input:
        expand("results/ttest_{suffix}_whole.fthr", suffix = config['suffix'])

rule wb_statstests:
    input:
        eset = "data/PAXgene/samples.all_genes.iqr/{}".format(config['whole'][0]),
        pattern_files = expand("data/GE_pattern_genes/{p_file}", p_file = config["pattern_files"])
    output:
        "results/ttest_{suffix}_whole.fthr"
    script:
        "scripts/stat_tests.R"

Answer 1

“什么也没做。”表示all规则所需的所有文件已经存在。也许config["suffix"]是空的？

snakemake -n dag尝试计算应该执行的规则图，以便满足名为“ dag”的规则或生成具有该名称的文件。

如果想要的是要执行的规则的图形表示，则需要--dag选项，并且需要将其输出传递给dot命令以生成图片：< / p>

snakemake --dag | dot -Tpdf > dag.pdf

（创建图形表示形式时不需要{-n）

Snakemake：建立DAG工作...什么都做不了

1 个答案: