没有什么可以运行snakefile

Question

我的代码是这样的，我已将规则设置为全部：

rule all:
    input:
        expand("data/sam/{sample}.sam", sample=SAMPLE_NAMES)

rule trimmomatic:
    input:
        "data/samples/{sample}.fastq"
    output:
        "data/samples/{sample}.clean.fastq"
    shell:
        "trimmomatic SE -threads 5 -phred33 -trimlog trim.log {input} {output} LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:16"

rule hisat2:
    input:
        fa="data/genome.fa",
        fastq="data/samples/{sample}.clean.fastq"
    output:
        "data/sam/{sample}.sam"
    shell:
        "hisat2-build {input.fa} ./index/geneindex | hisat2 -x - -q samples/{inout.fastq} -S {output}"

但它仍然表明：

  

什么都没做。   我试图找到出路。但没用。   帮助！