在snakemake中是否可以自动生成报告和DAG图像？

Question

我想在snakemake中运行工作流程后自动生成报告和DAG图像。我也想用给定的名称创建报告，例如在config.yaml中指定。

我无法在Snakefile中使用snakemake shell命令，而我通常会使用该命令手动创建报告。

我将用于手动创建报告的代码：

snakemake --report

用于手动创建DAG图像的代码：

snakemake --rulegraph | dot -Tpdf > dag.pdf

如何在Snakefile中做到这一点？

感谢您的帮助！

Answer 1

您可以执行此操作，但是对我来说这看起来很丑。在您的Snakefile末尾添加：

onsuccess:
    shell(
        r"""
        snakemake --unlock
        snakemake --report
        snakemake --rulegraph | dot -Tpdf > dag.pdf
        """)