我试图使用通过snakemake --dag
或snakemake --rulegraph
传递给dot
的方法,但是由于我认为graphviz无法处理文字点',最终导致出现错误。
我正在Linux的conda环境中使用snakemake 5.4.5。
我最终收到错误消息,并不断说“语法歧义-分隔数严重错误”,我相信这更多的是graphviz问题,而不是snakemake。
snakemake社区中的其他人有没有遇到过这种情况并提出了解决方法?
谢谢。
我碰巧看到这里列出了类似的内容-https://github.com/influxdata/kapacitor/issues/1068
snakemake --forceall --rulegraph | dot -Tpdf > dag.pdf
错误消息
警告:语法不明确-严重分隔数字“ .11”。在拆分的第1行中,分为两个标记 警告:语法有歧义-严重分隔数字'.11'。在拆分的第3行中,分为两个标记 警告:语法有歧义-严重分隔数字'0.13'。在分割成两个标记的第4行中 警告:语法有歧义-严重分隔数字'3.5'。在分割成两个标记的第6行中 正在建立工作的DAG ...