我知道这个问题曾经被问过。我已经搜索了所有线程，但没有任何事情对我有意义。诚然，我是生物信息学的新手，所以也许答案对那些有更多经验的人来说很清楚。
由于我正在寻找可能感染宿主的潜在病原体DNA（实际上是RNA），因此我正在尝试使用BWA使读段与参考基因组比对并保留丢弃的读段。
我认为正确，我创建了参考基因组的索引。我有以下文件：
_genome.fa
_genome.fa.amb
_genome.fa.ann
_genome.fa.bwt
_genome.fa.pac
_genome.fa.sa
我想将成对的末端读取与该索引对齐，并保留丢弃值。该代码是：
module load swset/2018.05
module load gcc/7.3.0
module load bwa
bwa mem ~/correctpath/_genome.fa correctfilename_R1_001.fastq correctfilename_R2_001.fastq -a > sample_bwa.sam
我继续收到错误消息：
[E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index files
我有99.％的把握要确定文件路径正确。我可能加载了错误的BWA版本。我可能没有正确创建索引。也许在我的bwa mem代码中显然存在错误。
再次，我尝试通读其他类似的文章，但是对我来说没有什么意义。这可能是我的错。
有人可以帮忙吗？
谢谢！