Question

我有大肠杆菌的Illumina配对末端读数，我用它来创建草稿组装（SPAdes）。我现在的任务是创建我将与Pilon一起使用的输入BAM文件 - 用于改进草稿程序集。

我决定在这里使用文档来使用BWA：http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml#3

计划创建参考基因组的索引，创建比对，然后转换为BAM文件。

这是我用来索引引用的命令：

bwa index -p bwa_indices/B055 temp/spades/scaffolds.fasta

此命令输出以下文件： B055.amb B055.ann B055.bwt B055.pac B055.sa

下一步是生成对齐文件 - 我使用了以下命令：

bwa aln -t 20 temp/spades/scaffolds.fasta temp/spades/corrected/B055_S5_R1_filtered_1P.fastq.00.0_0.cor.fastq.gz > bwa_indices/B055_R1.sai
#bwa aln -t 20 temp/spades/scaffolds.fasta temp/spades/corrected/B055_S5_R1_filtered_2P.fastq.00.0_0.cor.fastq.gz > bwa_indices/B055_R2.sai

运行第一个命令后，我收到以下输出：

[bwa_aln] 17bp reads: max_diff = 2
[bwa_aln] 38bp reads: max_diff = 3
[bwa_aln] 64bp reads: max_diff = 4
[bwa_aln] 93bp reads: max_diff = 5
[bwa_aln] 124bp reads: max_diff = 6
[bwa_aln] 157bp reads: max_diff = 7
[bwa_aln] 190bp reads: max_diff = 8
[bwa_aln] 225bp reads: max_diff = 9
[bwa_aln] fail to locate the index

最后一行令我烦恼了一下。有一个输出文件（B055_R1.sai），但它是空的。

我可以清楚地看到，在我的对齐命令中，没有对先前创建的任何索引文件的引用，但是当我查看文档（http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtm）时，我看不到引用任何文档的选项索引文件。谷歌搜索引导我到一个网站，说我需要将我的参考fasta文件放在与索引文件相同的目录中，我甚至将我的草稿组件fasta文件的名称从scaffolds.fasta更改为B055.fasta - 但是无济于事。我还解压了fastq.gz文件并将扩展名从fastq更改为fq - 所有这些都遇到了不成功的结果。这些可能仍然是问题，但在我看来，在最后一次调用中引用索引文件是最紧迫的问题。

有人可以指出我正确的方向吗？我正在使用BWA版本：0.7.5a-r405（我还安装了最新版本（版本：0.7.12-r1039），没有任何改进），CentOS 6.7，具有34个内核和大量内存。

提前谢谢。

Answer 1

基于this discussion我认为你应该使用var c2= parseInt(i) + 1;来执行你的路线。

首先，生成索引文件：

bwa mem

然后执行对齐：

# with this the index file will be in the same dir of your reference
bwa index path/to/your/index/scaffolds.fasta

您可以将代码放在bash脚本中，或者在同一行中键入所有内容，如下所示：

bwa mem \
    path/to/your/index/scaffolds.fasta \
    /path/to/R1.fastq.gz \
    /path/to/R2.fastq.gz | samtools view -1 -bS - > youBamFile.bam

说明：

bwa mem path/to/your/index/scaffolds.fasta /path/to/R1.fastq.gz /path/to/R2.fastq.gz | samtools view -1 -bS - > youBamFile.bam：对齐您的配对末尾读取并将其传递给samtools程序。
bwa mem：将您的sam文件排序并压缩为bam格式。

我没有测试命令但可能会有效。

Answer 2

根据不同论坛中某人的一些建议，我更改了文件的名称，使其全面一致。

mkdir -p bwa_indices
bwa index -p B055 -a is B055.fa
bwa aln -t 20 B055.fa ../temp/spades/corrected/B055_S5_R1_filtered_1P.fq > B055_R1.sai

但是，我仍然收到错误。我认为这是过时/不正确的文档问题。

文档（http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml#3）具有以下对齐方式（请注意in.db. fasta ）：

aln     bwa aln [-n maxDiff] [-o maxGapO] [-e maxGapE] [-d nDelTail] [-i nIndelEnd] [-k maxSeedDiff] [-l seedLen] [-t nThrds] [-cRN] [-M misMsc] [-O gapOsc] [-E gapEsc] [-q trimQual] <in.db.fasta> <in.query.fq> > <out.sai>

我一直在使用以下内容（我尝试了.fa和.fasta扩展名）：

bwa aln -t 20 B055.fa B055_R1_1P.fq  > B055_R1.sai

我删除了.fa扩展程序并运行了。

bwa aln -t 20 B055 B055_R1_1P.fq  > B055_R1.sai

使用BWA创建输入BAM文件以进行下游分析

2 个答案: