我有一对Illumina配对末端读取文件（例如，A_1.fastq.gz和A_2.fastq.gz），这些文件是从单个细菌分离物产生的，用于变体调用。首先，由于读长（100 bp），插入大小（约230 bp）及其标准偏差（约50 bp），我使用FLASH来合并重叠读数。 FLASH产生三个读取文件，两个用于非重叠的双端读取，一个用于合并读取（单端）。然后我使用bowtie将它们与一个共同的参考基因组对齐，这产生了两个bam文件（一个用于配对末端读取，另一个用于单端读取）。
为了获得更高的覆盖率和变体调用的读取深度，我想将两个BAM文件合并为一个。我计划将BamTools用于此任务，因为它专用于处理BAM文件。但是，我不确定在调用“bamtools merge”命令之前是否有必要对输入BAM文件进行排序？它没有在软件教程或其他地方介绍过。如果你能提供帮助，我将不胜感激。
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嗯，这是一个合并，因此根据定义，必须对输入进行排序。否则它将不会合并。
合并是将两个或多个排序的列表保持顺序的联接操作。合并的好处是，在对输入进行排序后，您不必进行额外的排序。
如果未对输入进行排序，则可以简单地将它们连接起来并对最终结果进行排序，或者对输入进行排序并合并中间结果。
顺便说一句，如果您将未排序的bams馈送到merge命令，它很可能会抱怨。