Question

Burrows-Wheeler Aligner（BWA），一种将短核苷酸序列映射到参考基因组的生物信息学工具（算法）。我曾尝试使用Hadoop Streaming运行BWA，但收到错误。

命令：

hadoop/bin/hadoop jar $HADOOP_HOME/contrib/streaming/hadoop-streaming-1.1.1.jar -input /user/hduser/bwainput/chr21.fa -output /user/hduser/bwa_output17 -mapper "/home/hduser/Desktop/bwa-0.7.5a/bwa index /user/hduser/bwainput/chr21.fa" -file /home/hduser/Desktop/bwa_input/chr21.fa

错误讯息：

INFO streaming.StreamJob: Tracking URL: /ubuntu:50030/jobdetails.jsp?jobid=job_201401230236_0007
ERROR streaming.StreamJob: Job not successful.
Error: # of failed Map Tasks exceeded allowed limit. FailedCount:1
INFO streaming.StreamJob: killJob...

请建议如何解决此问题？谢谢你的帮助。

Answer 1

您可以使用以下命令

运行带有hadoop流的bwa mem工具

hduser@ubuntu:~/apps/hadoop$ bin/hadoop jar $HADOOP_HOME/contrib/streaming/hadoop-streaming-1.1.1.jar -input /user/hduser/fastq/ERR091571.fastq -output 

/user/hduser/bwa_output33 -mapper 'bwa mem -p s_suis.fa -' -reducer 'cat' -file bwa -file s_suis.fa -file s_suis.fa.amb -file s_suis.fa.ann -file s_suis.fa.bwt -file s_suis.fa.pac -file s_suis.fa.sa -numReduceTasks 1

有关详细信息，请参阅此link

带有hadoop流媒体的BWA工具

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