将稀有地块从纯素食者转换为R中的ggplot2？

Question

您好，我正在'vegan'软件包中进行物种估算器计算。

我正在运行的代码非常简单：

library(vegan)    
data(BCI)
p<-poolaccum(BCI, permutations = 50)
p.plot<-plot(p, display = c("chao", "jack1", "jack2"))

对象p.plot是网格类型的对象。因此，我无法将其转换为ggplot的数据框。之所以要使用ggplot，是因为我希望所有估算器曲线都在带有标签的同一图形上。我还在为其他数据集绘制这些图，我想尽可能地合并空间。

任何帮助都会很棒！谢谢

Answer 1

summary(p)可以帮助您获取ggplot2的输入数据。我在这里演示Chao情节：

library(ggplot2)
library(reshape2)
chao <- data.frame(summary(p)$chao,check.names = FALSE)
colnames(chao) <- c("N", "Chao", "lower2.5", "higher97.5", "std")
chao_melt <- melt(chao, id.vars = c("N","std"))
ggplot(data = chao_melt, aes(x = N, y = value, group = variable)) +
  geom_line(aes(color = variable)) 

p是您在p<-poolaccum(BCI, permutations = 50)中得到的输出，就像这样，您可以对多个图和主题进行一些调整。