我的问题的简化版本：
我有一个OTU表，其中有三个站点有60个样本点（每个样本点都有不同的OTU）：A，B和C.每个站点有20个样本。
我想绘制每个站点的稀疏曲线：A，B和C.我想查看站点的曲线是否稳定 - 以检查是否足够＆＃39;从每个站点采集序列。
目前我正在这样做：
raremax <- min(rowSums(otu.table))
rarecurve(otu.table, sample = raremax)
目前，每个样本点都被绘制为单独的曲线 - 这不是我想要的 - 我想绘制每个采样点的整体曲线。
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对于第二种选择，您必须按地点对物种数量求和。这将忽略站点采样单元之间的所有差异（有些人称之为β多样性），并将采样单元视为简单的重复。如果要发布结果，可能需要证明您对审阅者的处理方法是正确的。
使用标准 R ，您可以使用aggregate来获取总和。以下示例使用素食数据集mite和mite.env：
rarecurve(aggregate(mite, list(mite.env$Shrub), sum)[,-1])
aggregate会添加一个您必须删除的列，并且您不会为曲线添加标签。稍微多一点的方式也会给你起名字：
rarecurve(sapply(mite, function(x) sapply(split(x, mite.env$Shrub), sum)))
rarecurve(t(sapply(split(mite, mite.env$Shrub), colSums))) # alternatively
为此，您的数据必须是data.frame ---矩阵将失败。