特殊情况下的稀疏产生某些数据的错误,而不是同一布局的其他数据

时间:2015-07-05 04:07:48

标签: r vegan

我正在尝试使用代码中的纯素包的specaccum函数中的稀疏方法为两种不同的栖息地类型生成稀薄物种积累曲线:

spa <- specaccum(Example, method = "rarefaction")

该函数适用于一个数据集,但不适用于产生此错误的另一个数据集:

Error in rarefy(t(freq), ind[i], se = TRUE) : 
  function accepts only integers (counts)

但是,数据布局与其他数据集完全相同,当我调查数据框时,它表示该物种的所有数据都是整数形式。

这是数据框的一个小得多的部分:

Site  AA AB AC AD AE AF AG AH AI AJ AK AL
1.1   0  0  0  0  1  0  0  2  0  0  0  0
1.2   1  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.3   0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.1   1  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0  0
2.2   0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.3   0  0  0  0  0  0  0  1  0  0  1  1
3.2   0  2  1  0  1  0  0  0  0  0  0  0
3.3   0  0  0  0  2  0  0  3  0  0  0  0
4.1   0  0  0  0  0  0  1  1  0  0  0  0
4.2   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
4.3   0  0  0  0  1  0  0  1  0  0  0  0
5.1   0  1  0  0  0  1  0  3  0  0  0  0
5.2   0  0  1  0  2  0  0  1  0  0  0  0
5.3   0  0  0  1  3  2  0  4  0  0  0  0
6.1   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
6.2   0  2  2  0  0  2  0  0  0  0  0  0
6.3   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

站点是栖息地内的采样点,字母表示物种。我不确定为什么它适用于一组数据而不是另一组数据,如果它们都像这样布局。有人可以帮我理解吗?

由于

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