我可以使用biomart绘制基因名称,组号和染色体位置图吗?

时间:2018-08-27 12:56:19

标签: r bioinformatics biomart

我从一些文本中提取了有关对象基因和染色体的信息,以对一些文本的数据库进行分类。

我的结果缺少一些信息;实际上,某些文本可能只包含the gene name and the location,而我想获取omim number, the gene symbol, the gene name, and the chromosome location

这是我的结果的一部分(使用Rcode)

       OMIM   GENES_SYMBOL         GENES        CHROMOSOME
1      (NA)       (arlts1)         (NA)              (NA)
2      (NA)          (mtr)          (NA)              (NA)
3      (NA)        (hla.g)          (NA)              (NA)
4      (NA)  (nat2, t341c)          (NA)              (NA)
5  (222300)         (wfs1)          (NA)            (X4p16)

我要摆脱不适用项:用等效的nae或代码替换每一个;例如需要arlts1并找到指定的omm编号,基因名称和染色体位置的东西。

我进行了很多搜索,但找不到包含所有信息的详尽的数据库

我可以用biomart来做到吗?我什至都不知道 有人可以帮助我解决我的问题吗?

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