Question

我已经继承了Canis Lupus（狗）的RNAseq输出数据的数据集。我有Ensembl格式的基因标识符，具体地说，它们看起来像是ENSCAFT00000001452.3。我正在尝试使用bioMaRt将它们转换为更常见的ID，并且需要帮助。我是R的新手，觉得自己很无知。任何帮助入门。

这些Ensembl ID是否可以转换为任何其他Ensembl ID（例如，不同种类）？这些Ensembl ID是否可以转换为RefSeq，GI评估号？怎么

从此开始：

library('biomaRt')

mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", useMart("ensembl"))

genes <- df$genes

........此后丢失。谢谢你的帮助。瑞安

Answer 1

这是分步示例：

加载biomaRt库。
```
library(biomaRt)
```
作为查询输入，我们有 Canis lupus friendlyis Ensembl笔录ID（请注意，它们不是 Ensembl基因ID ）。我们还需要从末尾去除点+数字，以指示注释更新。
```
tx <- c("ENSCAFT00000001452.3", "ENSCAFT00000001656.3")
tx <- gsub("\\.\\d+$", "", tx)
```

我们现在在数据库中查询tx

中的Ensembl脚本ID。

ensembl <- useEnsembl(biomart = "ensembl", dataset = "cfamiliaris_gene_ensembl")
res <- getBM(
    attributes = c("ensembl_gene_id", "ensembl_transcript_id", "external_gene_name", "description"),
    filters = "ensembl_transcript_id",
    values = tx,
    mart = ensembl)
res
#ensembl_gene_id ensembl_transcript_id external_gene_name
#1 ENSCAFG00000000934    ENSCAFT00000001452            COL14A1
#2 ENSCAFG00000001086    ENSCAFT00000001656                MYC
#                                                                   description
#1               collagen type XIV alpha 1 chain [Source:VGNC Symbol;Acc:VGNC:51768]
#2 MYC proto-oncogene, bHLH transcription factor [Source:VGNC Symbol;Acc:VGNC:43527]

请注意，您可以使用data.frame来获得特定attributes的所有mart中的listAttributes(ensembl)。

在上面的评论中，除@GordonShumway链接之外，在Ensembl websites上还可以找到biomaRt的另一个很好（简洁）的摘要/介绍。

从Ensembl基因ID转换为其他标识符

从此开始：

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