如何在biomaRt R包中使用NCBI基因数据库

Question

我对R不是很专家，但我正在努力学习使用biomaRt包找到位于我感兴趣区域的基因。

我设法使用带有以下代码的ensembl数据集生成有效输出：

> mart= useMart(biomart="ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl")
> results <- getBM(attributes =c("chromosome_name","start_position","end_position",
"band","hgnc_symbol","entrezgene"), filters = c("chromosome_name","start","end"),
values = list(1,226767027,227317593), mart=mart)

我知道＆＃34; entrezgene＆＃34;对应于NCBI基因ID，但我想拥有NCBI的GENE NAME。

有没有办法将biomaRt连接到NCBI数据库并检索该信息？

先谢谢你。

Answer 1

输入listAttributes(mart)以查看您可以选择的属性列表

关于基因名称，我想您可能需要external_gene_id，但也有其他基因名称选项。