Question

我在集群环境中运行Snakemake，并希望使用S3作为共享文件系统来编写输出文件。

相应地设置选项--default-remote-provider，--default-remote-prefix和--no-shared-fs。群集使用UGE作为调度程序，因此设置--cluster很简单，但如何设置--cluster-status，在使用--no-shared-fs时强制使用？

我最好的猜测是天真--cluster-status "qstat -j"导致

subprocess.CalledProcessError: Command 'qstat Your job 2 ("snakejob.bwa_map.1.sh") has been submitted' returned non-zero exit status 1.

所以我想我的问题是，如何在那里得到实际的工作？

谢谢！

安德烈亚斯

编辑1：我找到了https://groups.google.com/forum/#!topic/snakemake/7cyqAIfgeq4，因此集群状态必须是一个脚本。所以我编写了一个能够解析上述行的Python脚本，但是snakemake仍然失败了：

/bin/sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `('
/bin/sh: -c: line 0: `/home/ec2-user/clusterstatus.py Your job 2 ("snakejob.bwa_map.1.sh") has been submitted'
...
subprocess.CalledProcessError: Command '/home/ec2-user/clusterstatus.py 
Your job 2 ("snakejob.bwa_map.1.sh") has been submitted' returned non-zero exit status 1.

Answer 1

回答我自己的问题：

首先，我需要qsub的-terse选项（在我的情况下我首先没有添加，而snakemake以某种方式记住错误的群集命令

其次，cluster-status参数需要指向能够获取作业状态的脚本（作业id是唯一参数）和输出＆＃34;失败＆＃34;，＆＃34;运行＆＃34;或者＆＃34;成功＆＃34;。

群集模式下的Snakemake与--no-shared-fs：如何设置群集状态

1 个答案: