Question

在群集中运行我的snakemake文件时，我一直收到错误，

snakemake -j 20 --cluster "qsub -o out.txt -e err.txt -q debug" -s 
seadragon/scripts/viral_hisat.snake --config json="<input file>" 
output="<output file>"

现在这给了我以下错误，

Error in job run_salmon while creating output file 
/gpfs/home/user/seadragon/output/quant_v2_4/test.
ClusterJobException in line 58 of seadragon/scripts/viral_hisat.snake
:
Error executing rule run_salmon on cluster (jobid: 1, external: 156618.sn-mgmt.cm.cluster, jobscript: /gpfs/home/user/.snakemake/tmp.j9nb0hyo/snakejob.run_salmon.1.sh). For detailed error see the cluster log.
Will exit after finishing currently running jobs.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

现在我找不到任何方法来跟踪错误，因为我的群集没有给我一种存储日志文件的方法，另一方面/gpfs/home/user/.snakemake/tmp.j9nb0hyo/snakejob.run_salmon.1.sh文件在完成后立即被删除。如果有一种方法可以保留这个shell文件，即使snakemake失败也请告诉我。

Answer 1

我不再是qsub用户，但是如果我没记错的话，stdout和stderr存储在工作目录中，在错误消息中Snakemake在external下提供的jobid下。

Answer 2

您需要自己将标准输出和标准错误输出重定向到文件，而不是依靠群集或snakemake来为您执行此操作。

而不是以下

my_script.sh

运行以下

my_script.sh > output_file.txt 2> error_file.txt

如何在群集中运行时保留snakemake shell文件

2 个答案: