是否有通用的方法来判断snakemake是否以群集模式执行（例如， - cluster， - cluster-sync， - mada）？
用例是在群集情况下，我想在某些规则中将数据复制到存储中。
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不，此信息不是故意暴露的。更疯狂的方法是将这种特殊处理保留在工作流定义之外。这样，工作流的可伸缩性不受限制，并且代码也不会挤满特定于平台的东西。相反，如果支持您的存储协议，则可以使用--default-remote-provider参数，请参阅here。另一种可能性是复制jobscript中的文件。这两种策略都可以通过配置文件非常灵活地实现，请参阅here。执行类似任务的综合配置文件的一个很好的示例是this one。
答案 1 :(得分：0)
使用输入函数复制文件会有帮助吗？
这个解决方案帮助了我一个稍微相关的案例：
Snakemake: Generic input function for different file locations